La M-12 cuenta, en todos los tramos, con los más modernos sistemas de seguridad e instalaciones. Un centro de control verifica y comprueba todos los sistemas en tiempo real, lo que permite responder inmediatamente a las necesidades de los usuarios.

Entre los sistemas y dispositivos instalados se encuentran:

• Tres galerías de conexión entre tubos del túnel, una de ellas con salida al exterior mediante rampa de acceso vehicular.
• Postes SOS cada 150 m. en el túnel y cada 2 Km. en el tramo exterior.
• Sistema de detección automático de incidencias (DAI).
• Sistemas de detección y extinción de incendios.
• Ventilación y extracción de humos en túnel.
• Vigilancia por circuito cerrado de televisión.
• Control de alumbrado.
• Trazado con curvas de amplio radio.
• Amplios arcenes y medianas.